La mission de contrôle des comptes annuels consiste à certifier que les comptes annuels sont réguliers, sincères et donnent une image fidèle du résultat, de la situation financière et du patrimoine de l'entreprise. La régularité est appréciée au regard des règles et procédures en vigueur dans l'entreprise. Le commissaire aux comptes, doit se forger une opinion sur la base d'un certain nombre de contrôles autrement dénommés "diligences" qu'il doit mettre en oeuvre. A l'issue de ses travaux il établit un ou plusieurs rapports qui sont publicé et permettent de savoir si les comptes reflètent bien la situation économique de l'entreprise. Cette mission de certification légale des comptes peut porter sur les comptes annuels ou sur les comptes consolidés.
 

Outre sa mission principale, le commissaire aux comptes intervient dans des cas prévus par la loi ou les institutions afin de garantir la fiabalité de l'information financière. Les cas les plus courants concernent l'émission de valeurs mobilières, le contrôles des notes d’informations financières, ou des attestations particulières.

Directement liées à la mission de certification légale des comptes, certaines prestations peuvent être réalisées à la demande des entités contrôlées. Sept DDL ont été homologuées depuis début 2008. Les deux dernières sont significatives de l’utilité des travaux réalisés par les commissaires aux comptes ; elles concernent les diligences d’acquisition et de cession d'entreprises.